法律分析：农村土地使用权变更登记程序如下：1.由用地者填写变更土地登记申请书，说明变更依据和变更内容。2.权属审核。核实法人身份证明与申请书上的法人、委托代理人身份证明与委托书上的姓名是否一致。3.进行地籍测量。4.注册登记。5.填发土地证书。

法律依据：《中华人民共和国城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第十六条 土地使用者在支付全部土地使用权出让金后，应当依照规定办理登记，领取土地使用证，取得土地使用权。